Néhémie concerne les événements de la fin de l'exil babylonien, pendant la période où, sous les Perses qui ont conquis les Babyloniens, le peuple juif a été autorisé à retourner au pays d'Israël. Le Royaume du Nord d'Israël, composé principalement de dix tribus juives, avait été vaincu et dispersé par la conquête assyrienne en 721 avant JC. Le Royaume du Sud de Juda, composé principalement des tribus de Juda et de Benjamin avec un nombre substantiel de Lévites, a subi jusqu'à la conquête babylonienne sous Nabuchodonosor en 586 avant JC. Nabuchodonosor a pris une grande partie de la population de Jérusalem, y compris les familles nobles et royales, les expulsant à Babylone.
Avec la dernière chute de l'Empire babylonien à celle des Médides et des Perses (à partir de 539 avant JC), le peuple juif a finalement été autorisé à commencer à retourner dans leur pays d'origine après les 70 années d'exil prophétisées par Jeremiah (Jr 29:10). Le premier retour sous Zerubbabel (un descendant de David) s'est produit en 538 avant JC, suivi d'un retour ultérieur dirigé par Ezra le scribe sacerdotal en 458 avant JC. Ainsi, certains de ces Juifs étaient de retour dans le pays depuis plus de 90 ans alors que le livre de Néhémie s'ouvre (445 avant JC), expliquant sa surprise et sa lamentation que les murs et les portes de Jérusalem sont restés en ruine, et provoquant la demande de Néhémie à Artaxerx afin qu'il pourrait mener une expédition pour restaurer Jérusalem.
En l'absence d'une forte présence politique en Judée, le pouvoir local a été consacré à plusieurs petits nobles, parmi lesquels Sanballat l'horonite, Tobiah l'Ammonite et Geshem les arabes (les descendants de nombreux ennemis anciens d'Israël); Ces chiffres sont devenus des néméries de Néhémie dans son travail de reconstruction et de restauration.